La première menace qui pèse sur l’écureuil est la destruction et la fragmentation de son habitat naturel. Les écureuils arboricoles sont souvent victimes du Roadkill dans les forêts fragmentées par les routes. Outre les rares écoducs, des « passerelles à écureuil » ont été efficacement testées, qui vont d’une triple corde tressée tendue entre les arbres au dessus de la route à une passerelle de planchettes fixées entre deux cordes, faisant office de « pont de singes ». En France en Isère, on a même envisagé d’équiper des poteaux d’échelles pour que les écureuils puissent utiliser des éléments du tramway pour traverser les routes par le haut. La restauration d’un réseau paneuropéen de corridors biologiques devrait l’aider à recoloniser les nombreux espaces d’où il a disparu, mais pourrait aussi aider l’écureuil gris à coloniser ses territoires.
La pollution peut l’affecter, notamment dans les zones où les champignons sont pollués par des retombées accidentelles ou chroniques de métaux lourds ou les radionucléides de Tchernobyl, car certains écureuils font une grande consommation des fructifications souterraines de ces champignons qui concentrent le césium 135 radioactif déposé par le nuage de Tchernobyl (Étant donné que le césium descend dans le sol à raison d’environ 1cm par an, c’est à partir des années 2006 que la zone de prospection de ce champignon devrait être fortement affectée, et ce pour 10 à 20 ans).
L’écureuil roux européen se heurte aussi à la concurrence de l’écureuil gris introduit qui tend à le faire disparaître.
La consanguinité et le risque de dérive génétique sont une menace pour les très petites populations relictuelles.
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